Program konserwatorski Willi Decjusza obejmuje utrzymanie zabytkowego charakteru zespołu budynków oraz założenia ogrodowego wokół willi.

Program ten ma na celu wyposażenie wnętrz budynków w stylowe lub zabytkowe meble, obrazy i gobeliny. W latach 2000-2002 zrekonstruowano mury oporowe przy Ogrodzie Gotyckim. W latach 2002-2004 w ramach programu konserwatorskiego wykonano pierwszy etap rekompozycji ogrodu gotyckiego, znajdującego się obok Domu Łaskiego. Wyprofilowano tarasy oraz ścieżki. Zakończono też prace konserwatorskie bramy w ogrodzie różanym w obrębie tzw. romantycznej ruiny.

W 2003 roku program konserwatorski Willi objął remont tarasu północnego. Wykonano izolacje przeciwwilgociową i konserwację płytek i schodów kamiennych. W następnym roku wykonano malowanie konserwatorskie sal we wnętrzu pałacu i w Domu Łaskiego. W 2005 roku odrestaurowano parkiety w willi. W latach 2006-2009 wykonano remont tarasu wschodniego wraz z reprezentacyjnymi schodami wejściowymi. Wykonano izolacje przeciwwilgociową z drenażem liniowym. Podczas tego remontu poddano gruntownej konserwacji elementy kamienne: schody, tralki , nakrywy, płyty czołowe. W 2010 roku wykonano izolację przeciwwilgociową z drenażem ściany zachodniej piwnic Pałacu.  Na rok bieżący zaplanowano konserwacje polichromii Sali Błękitnej w Domu Łaskiego.

Fundusze na remonty pochodzą głównie ze Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa oraz środków sponsorskich.

Ponadto corocznie program konserwatorski obejmuje bieżącą konserwację kamieniarki, stolarki oraz bieżące utrzymanie terenów zielonych wokół Willa Decjusza.

Koordynacja:
dr Zbigniew Beiersdorf, pełnomocnik Zarządu Stowarzyszenia Willa Decjusza ds. konserwacji
Artur Zych, zarządca nieruchomości, kierownik administracji Willi Decjusza